Biblioteca genômica de Loci potencialmente amplificáveis em Viola - Loricariichthys anus (Valenciennes, 1840)
Franca, Adriana Pinheiro daGarcia, Verônica HammesBarreto, Natália CarrilhoDias, Hudson de LimaFróes, Charles NunesMoreira, Heden Luiz MarquesGraichen, Daniel Ângelo SganzerlaTavares, Rafael Aldrighi
RESUMO: Através do sequenciamento de nova geração (NGS) objetivou-se desenvolver marcadores microssatélites para viola - Loricariichthys anus - espécie nativa do sul da América do Sul e que tem despertado o interesse econômico da região, por isso é fundamental compreender sua genética e a estrutura populacional da espécie para fim de conservação e de produção. O objetivo do trabalho foi caracterizar e identificar Loci microssatélites para a espécie não-modelo L. anus a fim de conhecer a genética da espécie. A extração de DNA foi realizada pelo protocolo de extração de cloreto de sódio (NaCl) modificado. Uma biblioteca genômica shotgun paired-end foi preparada através do protocolo Kit Illumina Nextera DNA Library, sendo então sequenciada em um sequenciador MiSeq (Illumina) e as 1.103.580 de leituras obtidas foram analisadas no programa PAL_FINDER_V0.02.03 a fim de identificar os marcadores microssatélites. Foram obtidos, 444 Loci microssatélites potencialmente amplificáveis (PALs), dos quais 161 eram de dinucleotídeos, 65 de trinucleotídeos, 170 de tetranucleotídos, 32 de pentanucleotídeos e 16 de hexanucleotídeos. Um grupo de seis Loci foram escolhidos para validação através da técnica de PCR, destes três foram amplificados - dois dinucleotídeos e um tetranucleotídeos. Contudo, podemos definir que a estratégia de sequenciamento de nova geração através de biblioteca shotgun paired-end da plataforma MiSeq (Illumina) apresentou-se eficaz mesmo apresentando um baixo número de PALs quando comparado a outros trabalhos, além de ser rápida e de baixo custo para desenvolver marcadores microssatélites para espécies não modelo como a viola.
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